本校は、従前の京都上京第５番組木下尋常小学校〔明治２年６月創設）、上京第２組竹園尋常小学校(明治２年１０月創設）、及び、上京第１０組常習尋常小学校(明治２年１０月創設、明治１４年玄武校と改称）の３校を統廃合して、明治２６年４月１日に創設された学校である。
明治２年の３校創設の後、時勢の推移にともない、将来の教育上の利害を研究し、さらに、学区が相接していることに伴う通学の問題、経済上の利益等を考慮し、明治２６年４月、当該三校を統廃合して、その中央部にあたる現所在地に約５０００平方メートルを学校敷地と定め、室町頭町の町名を冠して、室町尋常小学校と名づけた。当時の児童数は５２０人、８学級であった。
財源の画策、校舎の造営のために木下校を本校とし、他の２校を分教場として教育指導を進めていたが、明治２９年１１月３日に、創設第１回の建築竣工式を挙行し、全校を統一してここに移転した。
その後、敷地の買収､校舎・屋内体操場（兼講堂）の増改築を繰り返して規模を拡大したが、昭和９年の室戸台風により校舎は倒壊に瀕し、老朽化も甚だしくなったため、昭和１０年より鉄筋３階建の校舎の新築に着手し、翌年昭和１１年１１月１９日に竣工した。この校舎は、東端に八角形の特別教室（１−３階部分）を持つ当時としては斬新な形の校舎であった。
さらに、昭和４８年２月より、室町改築協力会が中心となり、講堂・職員室・給食調理室・和室・応接室・プール等（いずれも現在の建物）を新築し、校内環境も滞りなく修了して昭和５５年３月に竣工式を挙行した。
平成３年、改築後５０数年が経過し、老朽化した教室棟は、旧校舎の特色（八角形の教室棟）を生かした設計のもとに改築され、平成４年３月３１日に竣工した。同時に管理棟の一部改修と外装も行われた。
また、平成９年３月には，烏丸通側のコンクリート塀を取り除きグリーンベルトを設置した。
平成１０年９月１５日には、新体育館が竣工し、学校施設の整備充実が行われた。
学校の特色
現在１４学級、児童数３３１名の中規模の学校である。市内の中心部でも有数の広大な運動場を有している。「自ら求め、判断し、実行できる人間性豊かな子どもの育成」を教育目標に掲げ、校歌の精神から、「正しく、強く、ほがらかな」子どもの育成に取り組んでいる。
また、番組小学校の伝統もあり、地域・保護者の学校に対する思いに応える姿勢を持ち、地域との連携・協力を大切にしている。また、室町校が地域に開かれた学校として、学区民の地域活動・文化活動・生涯学習の中心拠点として活用され、日常的に多くの学区民が訪れている。
校下の特色
当校区は、おおよそ、北は鞍馬口通、南は今出川通、東に賀茂川、西は堀川通に囲まれた地域である。
当校下は室町幕府の造営された地として有名である。学区内には、史跡も多く、延喜年間御所の鎮めとして祀られた上御霊神社、禅宗五山の第二、夢想国師開基の相国寺、日蓮宗本山の妙顕寺・妙覚寺・本法寺など由緒深い古社寺も多い。表千家・裏千家も校区内にあり、「不審庵」「今日庵」もよく知られている。
また、西陣の東端に位置し、伝統的な織物の町として栄え、何代にもわたる繊維関係（西陣織）の仕事を受け継いでいる家庭も多くある。