平成１８年４月現在
| 就任年度 | 氏 名 | 役 職 名 |
| 昭和６２年度 | 川 那 部 浩 哉 |
琵琶湖博物館 舘長 京都大学 名誉教授 （生物 生態学） |
| 平成 ３ 年度 | 橋 本 康 二 | 元青少年科学センター指導課長 （物理学 化学） |
| 平成 ６ 年度 | 土 倉 亮 一 | 京都教育大学 名誉教授 （農林生物学） |
| 平成 ９ 年度 | 更 家 淳 司 | 京都工芸繊維大学 教授 （電子・電気材料工学） |
| 平成 ９ 年度 | 野 崎 光 洋 | 滋賀医科大学 名誉教授 平安女学院大学 教授 （生化学） |
| 平成１２年度 | 瀬 戸 口 烈 司 | 京都大学 名誉教授 （古生物学） |
| 平成１４年度 | 廣 田 襄 | 京都大学 名誉教授 （化 学） |
| 平成１５年度 | 黒 河 宏 企 | 京都大学 名誉教授 （宇宙物理学） |
京都市青少年科学センターでは,昭和４４年の発足以来,科学者・理科教育の専門家に学術顧問を委嘱し,青少年科学センターが実施するセンター学習の実験内容や指導方法,これに伴う教材開発のための個人研究,共同研究への指導助言,また,展示学習のための展示品の開発,プラネタリウムの投映プログラム等についての指導助言など,指導理念に根ざした，より良い事業活動のために示唆をいただいています。